אחרי הזוועות של מלחמת עולם ראשונה, האנשים העשירים ביותר בארה"ב, רוסיה וסין החליטו שצריך לנתב את האנושות לכיוון של שלום במקום מלחמה ואלימות. הם הקימו את הארגון הפילוסופים, סוג של ארגון אילומנטי סודי, שבעזרת הטרליונים של אותם מקימים ישפיע על הפוליטיקה העולמית לטובה. עם השנים אותם חברי ארגון הלכו לעולמם ועד מלחמת עולם שניה הארגון התחיל להתמסמס. בתהליך ההתמסמסות, העושר המטורף שהיה בארגון, שנקרה המורשת של הפילוסופים, הוחבא.
הפילוסופים
במלחמת עולם השניה, צמחה לוחמת שהפכה עד סוף המלחמה לסמל אמריקאי, הכינוי שלה היה הבוס. עם השנים היא הפכה להיות אגדה ובן הטיפוחים שלה ג'ון ליווה אותה לכל מקום. בשנת 64, ג'ון נשלח למתקן ברוסיה על ידי הCIA והמפעיל שלו, שם קוד זירו, להביא לארה"ב מדען רוסי עורק. למטרת המשימה ג'ון מקבל את שם הקוד סנייק, Naked Snake. ברוסיה סנייק (תקרא הייטב קליימן, זה הסנייק הראשון
) מגלה שהבוס והיחידה שלה ממלחמת עולם שניה חברו לקבוצת בדלנים רוסים שמונהגים על ידי קולונל רוסי לשעבר. הקולונל הרוסי משגר פצצה גרעינית אמריקאית על אותו מתקן והראש של ברית המועצות באותה תקופה, חרושצ'וב, מאשים את האמריקאים בשיגור הפצצה מאחר והרוסים ראו מטוס אמריקאי באזור, אותו מטוס שהצניח את ג'ון/סנייק למשימה. העולם על סף מלחמת עולם שלישית.
הבוס
אחרי כמה שבועות, הCIA מגלה את המיקום של הבוס, הצוות שלה והבדלנים. סנייק נשלח שוב לרוסיה, הפעם כדי לחסל את כולם ולהוכיח לרוסים שאמריקאים לא שגרו את הפצצה הגרעינית. סנייק חוזר לרוסיה, שם הוא פוגש מרגלת אמריקאית בשם EVA שתלווה אותו לאורך כל הדרך. סנייק פוגש אדם נוסף על הדרך, אוסלוט, קצין ספצנאץ רוסי שצד אותו לאורך כל המשימה. סנייק ו-EVA מתאהבים, אוסלוט עם הזמן לומד לכבד את סנייק שמביס אותו פעם אחר פעם. סנייק מצליח לחסל את היחידה של הבוס כשעל הדרך הוא מספיק לאבד את העין השמאלית. לפני שסנייק הורג את הגנרל הרוסי, הוא מגלה על ארגון הפילוסופים. אותו גנרל הוא בן של פילוסוף, אחד מהנציגים הרוסים, ואותו גנרל רצה (וגם הצליח) להשיג את מיקום המורשת של הפילוסופים, אוצר של טריליוני דולרים, בעזרת בעזרת מידע מאביו. לאחר שסנייק הורג את הגנרל, הוא משיג את הפילם שמחזיק את מיקום המורשת של הפילוסופים וההוראות מלמעלה אומרות להביא אותו בחזרה לזירו. הבוס היא המטרה היחידה שנשארה.
Naked Snake / ג'ון
סנייק הולך להתמודד עם הבוס וככל שהקרב מתקדם הוא מבין שהיא לא באמת בגדה או החליפה צד, היא שם כי זאת המשימה שלה מהCIA. הבוס היא זאת שצריכה לקחת את האשמה עליה, היא זאת שהסיפורים יגידו שהיא בגדה במדינה וגרמה לפיצוץ הגרעיני על אדמת רוסיה, היא זאת שתרשם בהסטוריה כבוגדת. החזון של הבוס הוא לא לגמרי ברור, היא מיצגת נאמנות מוחלטת אבל בו בזמן היא חושבת שגבולותו ומדינות זה טפשי, שאוייב שהיא תקריב את החיים שלה בקרב מולו כמו הגרמנים במלחמת העולם השניה הופכים תוך כמה שנים לבני ברית. סנייק בלית ברירה, כמעט בסוג של כפיה של הבוס, הורג את הבוס.
אוסלוט
אחרי שהכל נגמר, האמת מתגלה לסנייק. אווה היא לא מרגלת אמריקאית, היא מרגלת כפולה, היא מהסניף הסיני של הפילוסופים. הם רוצים להתאושש והדרך שלהם היא להשיג את המורשת של הפילוסופים שאותה אווה גונבת. סנייק חוזר לארה"ב, הנשיא ג'ונסון עושה לו כבוד אבל סנייק מאבד את האמון בממשל האמריקאי שפקד על הבוס בעצם להתאבד למען המדינה. זירו והנשיא אומרים לסנייק שהוא הלוחם הגדול בהסטוריה, שהוא גדול יותר אפילו מהבוס, הוא ביג בוס.
ביג בוס
השנים עוברות, השנה היא כבר 70 והפילוסופים התמוססו כבר מזמן. זירו מצליח לשים את הידיים על החלק האמריקאי של המורשת של הפילוסופים, אווה נזרקת מסין כבוגדת והיא גונבת בחזרה את החלק של המורשת של הפילוסופים שהיא לקחה מסנייק/ג'ון/ביג בוס. ביחד הם מצרפים את אוסלוט שמעריץ עכשיו את ביג בוס, שני משתתפים נוספים (שהם באמת לא חשובים, דמויות משנה מMGS3) ואת ביג בוס עצמו והם מחליטים להקים מחדש את הפילוסופים. לקחת את ההון העצום והשם של ביג בוס כאגדה בארה"ב בשביל להתחיל לכוון את הכלכלה/פוליטיקה העולמית. המטרה שלהם? לממש את החזון של הבוס. הם מקימים את הפטריוטים, האירגון שיורש את הפילוסופים.
אווה
ככל שהזמן עובר, מתחילים לקום חילוקי דיעות בתוך הארגון. ביג בוס (ששונא שקוראים לו ביג בוס, השם שמבוסס על הרצח של האישה שהייתה כמו אמא בשבילו. חברים שלו קוראים לו עדין סנייק ומכאן מגיע הבלבול של קליימן) חושב שהחזון של הבוס היה חופש טוטאלי מכל מדינה, חופש מושלם במעולם שאין בו כלל מדינות. זירו חושב שהחזון של הבוס היה מחיקת הגבולות, כל העולם הוא מדינה אחת גדולה וחזקה. חילוקי הדיעות מתחילים להפחיד את זירו, הוא יודע שחלק גדול מהכוח וההשפעה של הפטריוטים נובע מהמעמד של ביג בוס בארה"ב ובקהילה הבינלאומית. אם זירו יאבד את ביג בוס, הפטריוטים עלולים לאבד את הכוח שלהם. בתור תעודת ביטוח, זירו מחליט לשכפל את ביג בוס, ליצור חייל מושלם משלו שיוכל לקחת את המקום של ביג בוס באחד הימים, אווה תהיה האם הפונדקאית. ביג בוס מגלה על ההריון של אווה והתוכנית של זירו, זה הקש ששבר את גב הגמל וביג בוס פורש מהפטריוטים. אווה יולדת תאומים בשנת 71, האחד יגדל להיות סוליד סנייק, השני יגדל להיות ליקוויד סנייק.
הפטריוטס
ביג בוס, יחד עם חייל חצי יפני חצי אמריקאי שהוא פגש במסעות שלו בשם מילר, מקים את הצבא הפרטי הראשון בהסטוריה. הוא רוצה לממש את החזון של הבוס (כלומר איך שהוא רואה את החזון), עולם ללא מדינות וגבולות. הצבא שלו יהיה שכיר חרב לכל קבוצה בצרה, התחלה של יסוד עולם חופשי מכל שליטה של מממשלה. בנתיים זירו, תחת השם CIPHER (באמת שלא ברור למה עכשיו קוראים לפטריוטים סייפר, זה פשוט הפטריוטים. לקוג'ימה יש נטיה לתת שמות מרובים לאותו דבר ובשלבים מאוחרים יותר בסדרה קוראים להם שוב הפטריוטים) מציע לביג בוס להצטרף בחזרה אל הפטריוטים, להיות עם הצבא הפרטי שלו הזרוע הצבאית של סייפר. ביג בוס כמובן מסרב ופאז, הסוכנית של סייפר שבגדה בביג בוס והציעה לו את העסקה, מודיעה לו שאם כך סייפר ישמידו אותו ואת הצבא שלו. ביג בוס מביס את פאז, הגופה שלה נופלת לים.
וכאן מתחיל פחות או יותר Ground Zero
.
